BioInformatika

DEFINISI BIOTEKNOLOGI MODERN
Bioteknologi modern lahir tahun 70-an diawali dengan inovasi ilmuwan AS mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah perusahaan bioteknologi pertama di dunia, Genentech di AS yang segera memproduksi protein hormon, insulin yang dibutuhkan penderita diabetes, dalam bakteri.

Komputasi Modern

Teori komputasi adalah cabang ilmu komputer dan matematika yang membahas apakah dan bagaimanakah suatu masalah dapat dipecahkan pada model komputasi, menggunakan algoritma. Bidang ilmu ini terutama membahas hal terkait komputabilitas dan kompleksitas, dalam kaitannya dengan formalisme komputasi.
Untuk melakukan studi komputasi dengan ketat, ilmuwan komputer bekerja dengan abstraksi matematika dari komputer yang dinamakan model komputasi. Ada beberapa model yang digunakan, namun yang paling umum dipelajari adalah mesin Turing. Sebuah mesin Turing dapat dipikirkan sebagai komputer pribadi meja dengan kapasitas memori yang tak terhingga, namun hanya dapat diakses dalam bagian-bagian terpisah dan diskret. Ilmuwan komputer mempelajari mesin Turing karena mudah dirumuskan, dianalisis dan digunakan untuk pembuktian, dan karena mesin ini mewakili model komputasi yang dianggap sebagai model paling masuk akal yang paling ampuh yang dimungkinkan. Kapasitas memori tidak terbatas mungkin terlihat sebagai sifat yang tidak mungkin terwujudkan, namun setiap permasalahan yang "terputuskan" (decidable) yang dipecahkan oleh mesin Turing selalu hanya akan memerlukan jumlah memori terhingga. Jadi pada dasarnya setiap masalah yang dapat dipecahkan (diputuskan) oleh meisn Turing dapat dipecahkan oleh komputer yang memiliki jumlah memori terbatas.

File service terdistribusi

Kelompok 5
1. Arif fathurrahman
2. Desy Khairani
3. Farah Fadilah
4. Giffar Nurmansyah
5. Nandang Syaefullah
6. Muslih Latukau

File Sistem Terdistribusi ( Distributed File System , disingkat) adalah file sistem yang mendukung sharing files dan resources dalam bentuk penyimpanan persistent di sebuah network. File server pertama kali didevelop pada tahun 1970 dan Sun NFS (Network File System) menjadi DFS pertama yang banyak digunakan setelah awal pemunculannya di tahun 1985. DFS yang terkenal selain NFS adalah AFS (Andrew File System) dan CIFS (Common Internet File System). Sebuah file server menyediakan file service ke client. Dari sisi client terdapat interface untuk file service dalam hal operasi primitif file, seperti membuat file (create), menghapus (delete) dan read / write file.
Komponen perangkat keras utama yang mana file server mengontrolnya adalah sebuah local storage (umumnya disk drive / HDD). Ditempat itulah file-file tersimpan dan dari tempat tersebut request client meretrive file. Pada DFS client, server dan juga perangkat penyimpanan merupakan mesin terpisah dalam sebuah lingkungan terdistribusi (Intranet).
Layanan File Terdistribusi
1. Layanan Dasar  – Tempat penyimpanan tetap untuk data dan program – Operasi terhadap file (create, open, read)  – Multiple remote clients (dalam intranet) – File sharing  – Menggunakan semantic one-copy update umum, melalui RPC 2. Perkembangan baru  – Persistent object stores (storage of objects) 3. Persistent Java, Corba, …  – Replikasi, caching keseluruhan file  –Multimedia terdistribusi (contoh: file server Tiger video)
Keperluan sistem file terdistribusi a. Transpansi File service biasanya merupakan service yang harus di‐load paling berat dalam sebuah intranet, sehingga fungsionalitas dan performance‐nya sangat penting. o Transparansi akses o Transparansi lokasi o Transparansi mobilitas o Transparansi performance o Transparansi pengukuran b. Update file konkuren Perubahan pada sebuah file oleh seorang klien seharusnya tidak menganggu operasi dari klien lain yang pada saat bersamaan mengakses atau mengubah file yang sama. c. Replikasi file Beberapa file service mendukung penuh replikasi, tetapi kebanyakan mendukung caching file atau portion file secara lokal, bentuk replikasi yang terbatas. d. Ke‐heterogen‐an sistem operasi dan hardware Antarmuka service sebaiknya didefinisikan sehingga software klien dan server dapat diimplementasikan untuk sistem operasi dan komputer yang berbeda. e. Toleransi kesalahan Server bisa menjadi stateless, sehingga dapat di‐restart dan service di‐restore kembali setelah mengalami failure tanpa perlu me‐recover state sebelumnya. f. Konsistensi Ketika file‐file direplikasi atau di‐cache pada site yang berbeda, ada delay yang tak bisa dihindari pada propagasi modifikasi dari satu site ke set lain yang membawa copy, dan ini bisa menghasilkan beberapa deviasi dari one‐copy semantic. g. Keamanan Secara virtual, semua sistem file menyediakan mekanisme kontrol akses berdasarkan kegunaan dari daftar kontrol akses. h. Efisiensi File service terdistribusi sebaiknya menawarkan fasilitas yang paling tidak, sama bagusnya dengan yang ditemukan pada sistem file konvensional, dan sebaiknya mendapat level performance yang dapat diperhitungkan.  Opsi Perancangan Layanan File 1. Stateful  – server menyimpan informasi tentang file yang open, posisi sekarang(current position) dan file locks  – open (dibuka) sebelum access dan kemudian ditutup – performa yang lebih baik – pesan yang lebih pendek, dimungkinkanuntuk read-ahead – server failure  - kehilangan state  – client failure - tables fill up  – menyediakan file locks 2. Stateless – server tidak menyimpan state informasi  – file operations idempotent, harus mengandung semua yangdiperlukan (longer message)  – perancangan file server yang lebih simpel  – dapat dengan mudah di-recovery apabila client ataupun server crash  – locking membutuhkan extra lock server untuk mempertahankan  File Service Architecture Pembagian tanggung jawab antar modul didefinisikan sebagai berikut ini : 1. Layanan file flat Layanan file flat berkonsentrasi pada pengimplementasian operasi dari konten suatu file. 2. Layanan direktori Layanan direktori menyediakan pemetaan antara nama teks untuk file dan UFID‐nya. 3. Modul klien Modul klien berjalan pada tiap komputer klien, mengintegrasi dan meng‐extend operasi dari layanan file flat dan layanan direktori dibawah antarmuka pemrograman aplikasi tunggal yang bisa digunakan oleh program tingkat pengguna di komputer klien. 4. Antarmuka layanan file flat Merupakan antarmuka RPC yang digunakan oleh modul klien. Tidak digunakan secara langsung oleh program tingkat pengguna.

MODEL OSI

OPEN SYSTEM INTERCONNECTION (OSI)

I. PENGERTIAN

Masalah utama dalam komunikasi antar komputer dari vendor yang berbeda adalah karena mereka mengunakan protocol dan format data yang berbeda-beda. Untuk mengatasi ini, International Organization for Standardization (ISO) membuat suatu arsitektur komunikasi yang dikenal sebagai Open System Interconnection (OSI) model yang mendefinisikan standar untuk menghubungkan komputer-komputer dari vendor-vendor yang berbeda.
Model-OSI tersebut terbagi atas 7 layer, dan layer kedua juga memiliki sejumlah sub-layer (dibagi oleh Institute of Electrical and Electronic Engineers (IEEE)). Perhatikan tabel berikut:

7th

– Layer : Application

Services

6th

– Layer : Presentation

Services

5th

– Layer : Session

Communications

4th

– Layer : Transport

Communications

3rd

– Layer : Network

Communications

2nd

– Layer : Data-link

Physical connections

1st

– Layer : Physical

Physical connections

Tabel MODEL OSI

Layer-layer tersebut disusun sedemikian sehingga perubahan pada satu layer tidak membutuhkan perubahan pada layer lain. Layer teratas (5, 6 and 7) adalah lebih cerdas dibandingkan dengan layer yang lebih rendah; Layer Application dapat menangani protocol dan format data yang sama yang digunakan oleh layer lain, dan seterusnya. Jadi terdapat perbedaan yang besar antara layer Physical dan layer Application.

II. FUNGSI LAYER

1. Layer Physical

Ini adalah layer yang paling sederhana; berkaitan dengan electrical (dan optical) koneksi antar peralatan. Data biner dikodekan dalam bentuk yang dapat ditransmisi melalui media jaringan, sebagai contoh kabel, transceiver dan konektor yang berkaitan dengan layer Physical. Peralatan seperti repeater, hub dan network card adalah berada pada layer ini.

2. Layer Data-link

Layer ini sedikit lebih “cerdas” dibandingkan dengan layer physical, karena menyediakan transfer data yang lebih nyata. Sebagai penghubung antara media network dan layer protocol yang lebih high-level, layer data link bertanggung-jawab pada paket akhir dari data binari yang berasal dari level yang lebih tinggi ke paket diskrit sebelum ke layer physical. Akan mengirimkan frame (blok dari data) melalui suatu network. Ethernet (802.2 & 802.3), Tokenbus (802.4) dan Tokenring (802.5) adalah protocol pada layer Data-link.

3. Layer Network

Tugas utama dari layer network adalah menyediakan fungsi routing sehingga paket dapat dikirim keluar dari segment network lokal ke suatu tujuan yang berada pada suatu network lain. IP, Internet Protocol, umumnya digunakan untuk tugas ini. Protocol lainnya seperti IPX, Internet Packet eXchange. Perusahaan Novell telah memprogram protokol menjadi beberapa, seperti SPX (Sequence Packet Exchange) & NCP (Netware Core Protocol). Protokol ini telah dimasukkan ke sistem operasi Netware. Beberapa fungsi yang mungkin dilakukan oleh Layer Network

Membagi aliran data biner ke paket diskrit dengan panjang tertentu
Mendeteksi Error
Memperbaiki error dengan mengirim ulang paket yang rusak
Mengendalikan aliran
4. Layer Transport

Layer transport data, menggunakan protocol seperti UDP, TCP dan/atau SPX (Sequence Packet eXchange, yang satu ini digunakan oleh NetWare, tetapi khusus untuk koneksi berorientasi IPX). Layer transport adalah pusat dari mode-OSI. Layer ini menyediakan transfer yang reliable dan transparan antara kedua titik akhir, layer ini juga menyediakan multiplexing, kendali aliran dan pemeriksaan error serta memperbaikinya.

5. Layer Session

Layer Session, sesuai dengan namanya, sering disalah artikan sebagai prosedur logon pada network dan berkaitan dengan keamanan. Layer ini menyediakan layanan ke dua layer diatasnya, Melakukan koordinasi komunikasi antara entiti layer yang diwakilinya. Beberapa protocol pada layer ini: NETBIOS: suatu session interface dan protocol, dikembangkan oleh IBM, yang menyediakan layanan ke layer presentation dan layer application. NETBEUI, (NETBIOS Extended User Interface), suatu pengembangan dari NETBIOS yang digunakan pada produk Microsoft networking, seperti Windows NT dan LAN Manager. ADSP (AppleTalk Data Stream Protocol). PAP (Printer Access Protocol), yang terdapat pada printer Postscript untuk akses pada jaringan AppleTalk.

6. Layer Presentation

Layer presentation dari model OSI melakukan hanya suatu fungsi tunggal: translasi dari berbagai tipe pada syntax sistem. Sebagai contoh, suatu koneksi antara PC dan mainframe membutuhkan konversi dari EBCDIC character-encoding format ke ASCII dan banyak faktor yang perlu dipertimbangkan. Kompresi data (dan enkripsi yang mungkin) ditangani oleh layer ini.

7. Layer Application

Layer ini adalah yang paling “cerdas”, gateway berada pada layer ini. Gateway melakukan pekerjaan yang sama seperti sebuah router, tetapi ada perbedaan diantara mereka. Layer Application adalah penghubung utama antara aplikasi yang berjalan pada satu komputer dan resources network yang membutuhkan akses padanya. Layer Application adalah layer dimana user akan beroperasi padanya, protocol seperti FTP, telnet, SMTP, HTTP, POP3 berada pada layer Application.

III. KOMPONEN JARINGAN DAN PROTOKOL LAYER

Layer 1 – Physical
Network components:

Repeater
Multiplexer
Hubs(Passive and Active)
TDR
Oscilloscope
Amplifier
Protocols:

IEEE 802 (Ethernet standard)
IEEE 802.2 (Ethernet standard)
ISO 2110
ISDN
Layer 2 – Datalink
Network components:

Bridge
Switch
ISDN Router
Intelligent Hub
NIC
Advanced Cable Tester
Protocols:

Media Access Control:

Communicates with the adapter card

Controls the type of media being used:

802.3 CSMA/CD (Ethernet)
802.4 Token Bus (ARCnet)
802.5 Token Ring
802.12 Demand Priority
Logical Link Control

error correction and flow control
manages link control and defines SAPs
802.2 Logical Link Control

3. Layer 3 (Network)

Network components:

Brouter
Router
Frame Relay Device
ATM Switch
Advanced Cable Tester
Protocols:

IP; ARP; RARP, ICMP; RIP; OSFP;
IGMP;
IPX
NWLink
NetBEUI
OSI
DDP
DECnet
4. Layer 4 – Transport

Network components:

Gateway
Advanced Cable Tester
Brouter
Protocols:

TCP, ARP, RARP;
SPX
NWLink
NetBIOS / NetBEUI
ATP
5. Layer 5 – Session

Network components:

Gateway
Protocols:

NetBIOS
Names Pipes
Mail Slots
RPC
Layer 6 – Presentation
Network components:

Gateway
Redirector
Protocols:

None
Layer 7 – Application
Network components:

Gateway
Protocols:

DNS; FTP
TFTP; BOOTP
SNMP; RLOGIN
SMTP; MIME;
NFS; FINGER
TELNET; NCP
APPC; AFP
SMB


sunber :
https://disconnected32.wordpress.com/2008/09/22/pengenalan-jaringan/

Pengantar Komputasi Modern

Contoh WEB yang Menggunakan Komputasi Modern

Salah satu contoh nya adalah dropbox.com

Contoh pada tablet atau smartphone memiliki media penyimpanan yang terbatas, memori data internal rata-rata tak lebih dari 16 hingga 32 gb, dan sampai sekarang dalam masalah storage masih jauh tertinggal oleh laptop maupun notebook yang mencapai level TB (terabyte, satu tb setara dengan seribu -1000- gb).

Akhirnya, cloud computing menjadi solusi alternatif keterbatasan tersebut. Dengan cloud computing, kita menjadi makin leluasa dalam mengoleksi berbagai file data, mulai dari data yang berjenis file rekaman audio, video, gambar, dokumen, dan lainnya.

Keuntungan dari menyimpan data secara virtual di alam maya adalah jika perangkat talet atau gadget kita tertinggal, data tetap dapat diakses dari mana saja, menggunakan perangkat apapun, selagi dapat terhubung koneksi internet. Dengan cara ini, kita tidak perlu lagi membawa seluruh pekerjaan di tablet.

Banyak layanan cloud computing atau file hostig gratis. Salah satunya adalah DropBox (www.dropbox.com). Versi gratisnya menyediakan ruang penyimpanan files secara online hingga 2 GB. Dengan aplikasi ini, kita dapat mengupload data yang telah diolah sekaligus men-share-nya ke klien atau rekan kerja kita, dengan dropbox tak perlu lagi membawa flashdisk ke mana-mana.

Deskipsi WEB

Database & proses secara bersamaan

Dropbox.com adalah contoh cloud computing (teori john Von Neuman) yang menggunakan database besar karena dapat digunakan dari seluruh dunia, semua jenis file dapat di simpan melaluin cloud computing ini dan dapat di share kepada semua pengguna internet di dunia, Hal ini memudahkan manusia dalam membagi file-file yang dibutuhkan dari jarak sangat jauh.

Contoh Penyimpanan Dropbox

Dropbox menawarkan cara praktis untuk berbagi file dan folder. Folder bersama sangat sesuai bagi kelompok orang yang suka berkolaborasi pada file yang sama secara bersamaan. Pada saat Anda membuat folder bersama dan orang-orang ditambahkan, file-file di folder bersama ini akan muncul di Dropbox mereka, demikian pula file-file mereka di Dropbox Anda. Anggota folder ini dapat menambahkan, menghapus, atau mengedit file-file di dalam folder tersebut.

Membagikan folder dari situs web dropbox.com pada Windows

·         Masuk ke dropbox.com.

·         Buka daftar file dan folder Anda dan pilih folder yang ingin dibagikan dengan menggerakkan kursor di atas nama folder. (Mengeklik nama atau ikon folder akan membuka folder, sebaliknya.)

·         Klik Undang orang untuk berkolaborasi untuk memberikan mereka akses ke file di folder Anda.

·         Masukkan alamat email orang yang ingin Anda undang. Jika Anda pengguna Dropbox Pro atau Bisnis, Anda dapat memilih apakah tiap orang memiliki izin edit atau hanya-lihat dalam folder.

·         Tambahkan pesan pribadi jika Anda mau dan klik Berbagi folder.

Anda bisa juga mengundang orang lain ke folder dari halaman Berbagi. Untuk membuat folder bersama yang baru, klik tombol Folder bersama baru di bagian atas halaman. Untuk mengundang lebih banyak orang ke folder bersama yang sudah ada, temukan folder bersama ini di daftar dan klik tautan Opsi -nya.

Setelah seseorang menerima undangan Anda, folder bersama ini akan muncul di Dropbox orang tersebut.

Berbagi folder di Windows

Anda bisa berbagi folder langsung dari komputer Anda jika telah memasang aplikasi desktop Dropbox.

·         Buka folder Dropbox Anda.

·         Klik kanan folder yang ingin dibagikan untuk memunculkan menu.

·         Pilih Bagikan...

·         Jendela berbagi akan terbuka dropbox.com tempat Anda dapat mengisi email atau nama orang yang ingin Anda bagi.

·         Pilih Bagikan... untuk berbagi folder di dropbox.com

Teori john Von Neuman

Komputasi modern adalah sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern. Konsep ini pertama kali digagasi oleh John Von Neumann (1903-1957). Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern. Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann memberikan berbagai sumbangsih dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer yang di salurkan melalui karya-karyanya . Beliau juga merupakan salah satu ilmuwan yang terkait dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu. Kegeniusannya dalam matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:

1. Akurasi (big, Floating point)

2. Kecepatan (dalam satuan Hz)

3. Problem Volume Besar (Down Sizzing atau pararel)

4. Modeling (NN & GA)

5. Kompleksitas (Menggunakan Teori big O)

Karakteristik Komputasi Modern

1. Komputer-komputer penyedia sumber daya bersifat heterogenous karena terdiri dari berbagai jenis perangkat keras, sistem operasi, serta aplikasi yang terpasang.

2. Komputer-komputer terhubung ke jaringan yang luas dengan kapasitas bandwidth yang beragam.

3. Komputer maupun jaringan tidak terdedikasi, bisa hidup atau mati sewaktu-waktu tanpa jadwal yang jelas.

Jenis-jenis komputasi modern ada 3 macam, yaitu :

1. Mobile Computing atau Komputasi Bergerak Mobile computing (komputasi bergerak) merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel serta mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

2. Grid Computing Komputasi grid memanfaatkan kekuatan pengolahan idle berbagai unit komputer, dan menggunakan kekuatan proses untuk menghitung satu pekerjaan.

3. Cloud Computing atau Komputasi Awan Cloud computing adalah perluasan dari konsep pemrograman berorientasi objek abstraksi. Abstraksi, sebagaimana dijelaskan sebelumnya, menghapus rincian kerja yang kompleks dari visibilitas.